Program Magister Pendidikan Biologi UMM merupakan lanjutan dari program studi pendidikan biologi S1 yang mempunyai tujuan untuk meningkatkan mutu intelektual dan keterampilan pendidik biologi yang dapat bersaing di eraglobal, seiring dengan perkembangan akademik dan abad ke 21 ilmu biologi sangat dibutuhkan sebagai penyelesaian persoalan-persoalan kehidupan di masyarakat.
Proses pembelajaran yang dilakukan pada program magister Pendidikan Biologi UMM berbasis Student Center Learning (SCL), Active Learning dan dan Lesson study, melalui kerjasama penelitian (action research, research and development, quasi-experiment), pembeajaran (praktik mengajar sebagai tugas mata kuliah ataupun Praktik Pengajaran Lapang/Magang) dan sharing keilmuan (diskusi, seminar, dan pembimbingan) yang melibatkan mahasiswa Prodi S1 Pendidikan Biologi FKIP UMM.
Produk keilmuanyang dihasilkan oleh program magister Pendidikan Biologi UMM, merupakan produk dari hasil penelitian, dan pengabdian dalam bidang biologi dan pembelajarannya (pengembangan kurikulum, silabuspembelajaran, media danteknologi pembelajaran, materi, sertaevaluasi pembelajaran di semua level pendidikan di Indonesia dan internasional) akan mampu menunjang peningkatan kualitas pembelajaran biologi pada semua jenjang pendidikan di Indonesia sehingga masyarakat memperoleh pendidikan yang berkualitas (bermanfaat bagi peningkatan kualitas pendidikan nasional).
Pada skala nasional, program magister Pendidikan Biologi akan memberikan manfaat besar bagi peningkatan kualitas sumber daya manusia (SDM) bangsa Indonesia, khususnya terkait SDM lulusan berkualitas (guru, calon dosen, dan peneliti pendidikan serta peneliti biologi), sehingga berdampak baik terhadap kualitas peserta didik yang diajar (siswa dan mahasiswa, dan produk penelitian yang dihasilkanakan memberikan manfaat besar bagi peningkatan kualitas sumber daya manusia (SDM) bangsa Indonesia, khususnya terkait SDM lulusan berkualitas (guru, calon dosen, dan peneliti pendidikan serta peneliti biologi), sehingga berdampak baik terhadap kualitas peserta didik yang diajar (siswa dan mahasiswa, dan produk penelitian yang dihasilkan.