Program Studi S2 Pendidikan Biologi menetapkan profil lulusan program studi yang meliputi:
- Pendidik biologi (Innovative Bio-educator),
- Peneliti bidang pendidikan biologi (Bio Edu-researcher),
- Peneliti bidang biologi (Bio-researcher),
- Pengembang media dan sumber belajar biologi (Bio-source Developer).